El asunto del santuario fue la clave que aclaró el misterio del desengaño de 1844. Reveló todo un sistema de verdades, que formaban un conjunto armonioso y demostraban que la mano de Dios había dirigido el gran movimiento adventista, y al poner de manifiesto la situación y la obra de su pueblo le indicaba cuál era su deber de allí en adelante. Como los discípulos de Jesús, después de la noche terrible de su angustia y desengaño, “se gozaron viendo al Señor”, así también se regocijaron ahora los que habían esperado con fe su segunda venida. Habían esperado que vendría en gloria para recompensar a sus siervos. Como sus esperanzas fuesen chasqueadas, perdieron de vista a Jesús, y como María al lado del sepulcro, exclamaron: “Se han llevado a mi Señor, y no sé dónde le han puesto”. Entonces, en el lugar santísimo, contemplaron otra vez a su compasivo Sumo Sacerdote que debía aparecer pronto como su rey y libertador. La luz del santuario iluminaba lo pasado, lo presente y lo porvenir. Supieron que Dios les había guiado por su providencia infalible. Aunque, como los primeros discípulos, ellos mismos no habían comprendido el mensaje que daban, este había sido correcto en todo sentido. Al proclamarlo habían cumplido los designios de Dios, y su labor no había sido vana en el Señor. Reengendrados “en esperanza viva”, se regocijaron “con gozo inefable y glorificado”.
Tanto la profecía de Daniel 8:14: “Hasta dos mil y trescientas tardes y mañanas; entonces será purificado el santuario”, como el mensaje del primer ángel: “¡Temed a Dios y dadle gloria; porque ha llegado la hora de su juicio!” señalaban al ministerio de Cristo en el lugar santísimo, al juicio investigador, y no a la venida de Cristo para la redención de su pueblo y la destrucción de los impíos. El error no estaba en el cómputo de los períodos proféticos, sino en el acontecimiento que debía verificarse al fin de los 2.300 días. Debido a este error los creyentes habían sufrido un desengaño; sin embargo se había realizado todo lo predicho por la profecía, y todo lo que alguna garantía bíblica permitía esperar. En el momento mismo en que estaban lamentando la defraudación de sus esperanzas, se había realizado el acontecimiento que estaba predicho por el mensaje, y que debía cumplirse antes de que el Señor pudiese aparecer para recompensar a sus siervos.